Un Times Square bondé, à New York, est témoin d'un sac abandonné gisant sur le sol avec comme seule information étiquette rouge avec « hello » écrit dans différentes langues et avec écrit en gros caractère et en gras « CALL THE FBI ».
La nuit, un Times Square complètement désert est entouré d'agents de police de New York tandis qu'un seul officier du NYPD Bomb Squad s'approche du sac pour voir s'il contient des signes de radiation jusqu'à ce que quelqu'un ouvre le sac de l'intérieur. En quelques secondes, une femme nue, dont le corps est couvert de tatouages, sort de son contenant.
Après avoir assisté à une affaire dans laquelle des femmes ont été capturées et détenues dans une maison du Kentucky rural par un homme instable, l'agent spécial du FBI Kurt Weller est emmené à New York par des collègues du FBI après avoir reçu des informations sur un événement mystérieux à Times Square qui nécessite son attention immédiate.Dans le bâtiment du FBI, Weller est informé par l'agent Mayfair de l’histoire d’une femme avec des ecchymoses et des marques de contention sur les poignets et les chevilles alors qu'ils marchent dans un couloir en route vers un laboratoire de recherche. Mayfair présente Weller au Dr Borden qui semble vraiment surpris de rencontrer l'agent et leurs explique alors sur les effets de la tox-screen, déclarant que la femme a reçu une forte dose d'un médicament expérimental appelé inhibiteur PKM-zeta principalement connu comme Zeta Interacting Protein «ZIP», qui peut effacer certains souvenirs comme c’est le cas pour cette femme,
Les agents encadrant la femme à l'intérieur du laboratoire, l'aident à se lever et à ouvrir sa robe pour montrer à Weller, Mayfair et au Dr Borden un tatouage avec « Kurt Weller » écrit sur son dos.
La femme reçoit Jane Doe comme nom provisoire tandis que l'enquête suit son cours, Kurt Weller est chargé de l’affaire et demande à toute sa division de savoir qui est Jane et pourquoi son nom a été tatoué sur son dos.
Le Dr Borden dit à Weller et Mayfair que les souvenirs spécifiques de Jane Doe sont flous, il déclare également qu'il ne sait pas si elle retrouvera un jour ses souvenirs. Plus tard, Weller demande à l'agent Tasha Zapata d'obtenir toutes les images de Times Square pour savoir comment Jane est arrivée et envoie l'agent Patterson scanner et photographier les tatouages de Jane. À travers des images de Times Square, Zapata découvre que le sac a été jeté par la porte latérale d'une camionnette.
Une série de tests révèle que Jane ne sait rien d'elle et de son environnement, et que tous ses tatouages sont neufs, indiquant qu'ils ont tous été encrés en même temps.
Jane est laissée dans sa nouvelle maison sécurisée dans le cadre de la détention préventive. Le lendemain, elle arrive au laboratoire en compagnie de Tasha et est capable de décoder un tatouage chinois placé sous son oreille gauche, réalisant qu'elle peut parler et comprendre le chinois. L'indice les amène à une adresse à China Town où vit actuellement un type nommé Chao Zheng. Cette première découverte autorise Jane à suivre l'équipe et à les aider malgré les objections de Weller. Après avoir traduit pour l'équipe, on lui a demandé d'attendre à l'extérieur de l'appartement de Chao, moment où elle court chercher l'aide d'une femme en pleurs qui a été brutalement frappée par son mari violent. Dans ce cas, Jane découvre qu'elle est habile au combat.
Une vidéo laissée par Chao sur son ordinateur avertit Weller qu'il envisage de venger la mort de sa mère et de sa sœur en faisant exploser la Statue de la Liberté avec des bombes artisanales. Weller et l'agent Edgar Reade se fondent dans la foule dans une station de métro, mais Chao, conscient de leur présence, monte dans le train et laisse une bombe dans l'une des voitures pour perdre le FBI. Après que Weller ait désactivé la bombe, l'équipe, aux côtés de Jane, se dirige vers Liberty Island pour attraper Chao et en terminer avec son plan. Cependant, Jane se fait tirer dessus et dit à Weller de continuer sans elle, de peur de perdre Chao. En haut des escaliers, Weller et Chao se battent, durant se combat Chao tente de couper la gorge de Weller avec un couteau jusqu'à ce que Jane le vise à la pointe du fusil, craignant de louper le coup et de tuer Weller par erreur. Weller la regarde et lui donne le signal de tirer sur Chao.
Après avoir tirer sur Chao, Jane a un flashback dans lequel elle dirige un cours de tir en plein air au milieu d'une forêt inconnue recouverte de neige. Elle a été vue s'entraîner avec une arme à feu aux côtés d'un inconnu qui lui demande de réessayer après avoir raté deux coups.
De retour au FBI, Weller est réuni avec son équipe et Mayfair dans une salle de réunion pour informer son supérieur des événements survenus entre lui, Jane et Chao, indiquant qu'il ne fait aucun doute dans son esprit que Jane fait partie des forces spéciales ou du renseignement. formée en raison de ses compétences spécialisées et de ses capacités linguistiques de haut niveau, en supposant qu'elle est une professionnelle dans le domaine du combat. Après avoir déclaré que l'un de ses tatouages avait aidé à sauver des vies, il déclare que Jane pourrait être simplement la ressource la plus importante que leur division n’ait jamais eue.
Une fois que Mayfair a renvoyé son équipe, elle est montrée en train de regarder les photos des tatouages de Jane et certains fichiers classifiés partiellement masqués avec le nom de Mayfair, «meurtre» et le dossier Z81899Z dessus; ce même numéro est encré dans la peau de Jane comme le montre l'une des photographies.
Weller quitte le bâtiment du FBI et se rend en direction de la maison de Jane, il lui demande alors comment elle se sent après la journée qu'ils ont passée sur le terrain, ce à quoi elle répond que physiquement elle est un peu fatiguée mais émotionnellement ses pensées ne sont pas claires. Jane demande à Weller comment il pouvait être sûr qu'elle tirerai correctement sur Chao et il avoue qu'il ne le savait pas avec certitude, montrant sa confiance en elle et lui assurant que tout ira finalement bien. Après avoir serré Jane dans ses bras, Weller découvre une cicatrice à la nuque.
L'épisode se termine avec l'homme des flashbacks de Jane qui s'éloigne de la chambre d'hôpital de Chao, le même homme qui dit à une Jane aux cheveux longs qu'après lui avoir donné une drogue, tous ses souvenirs seraient supprimés de son cerveau à à laquelle elle répond «Je sais, mais c'est mon seul choix».
